В последнее время Владимир Агеев работал тренером дублирующего состава "Гомеля".
Большую часть своей карьеры Агеев посвятил детско-юношескому футболу. Среди его воспитанников — действующие игроки национальной сборной Сергей Омельянчук и Антон Амельченко, в разное время выступавшие в национальной команде Андрей Юсипец, Олег Сысоев, Константин Коваленко, Андрей Коваленко, Александр Афонасенко, а также Василий Дроздов, Александр Данилов, Николай Швыдаков.